Segons la llegenda, el Santuari fou aixecat per uns mariners que, trobant-se en perill de naufragar, veieren el cim del far des de mar estant. Tanmateix cal recordar que el mot far s'aplica a una foguera que servia de senyal, tant prop del mar com terra endins.
Les primeres notícies del Santuari es remunten al 25 d'agost del 1269 gràcies al testament de Pere Jaume, fill de Berenguer de Sesqueions (del Mas Esqueions prop de la Jaça, a Rupit) de la parròquia de Sant Martí, que testà el amb motiu d'un viatge a Jerusalem i que, entre d'altres, llega dotze diners a la capella de Santa Maria des Far.
