El primer temple que hi podia haver hagut devia ser de final del segle IX, malgrat que el primer escrit que es refereix a l'església de Santa Maria la situa als anys 1184 i 1187, quan s'hi construí un priorat benedictí filial de l'abadia d'Amer, segons una butlla del papa Climent III.
Al segle XV, el temple va decaure pels terratrèmols de 1427-1430, per la guerra contra Joan II i per les lluites remences.
Cap al 1480 fou abandonat.
Al segle XVI era regit per priors comendataris que no hi vivien i, el 1592, el càrrec prioral del Coll s'uní a la dignitat abacial d'Amer.
El 1835, a causa de l'exclaustració, va extingir-se el monestir d'Amer i el títol prioral de Coll. Ara bé, des del segle XVII no residia cap monjo al Coll, i l'edifici s'havia arrendat a preveres o s'havia confiat a monjos beneficiats especials. Un any després de l'exclaustració, el Santuari i el casal prioral del Coll, foren utilitzats per les tropes carlines com a hospital, fet que provocà que fos incendiat. El 1846, a causa de la desamortització, el patrimoni del Coll fou malvenut. En quedà només l'església, l'hostal, l'hort i les runes de l'antiga casa prioral.
Entre el 1878 i el 1948 fou una parròquia rural. Des de llavors i fins el 1968, se n'encarreguen, els rectors de Susqueda, i fins a l'actualitat els d'Osor.
